Οι κάτοικοι του Νοτίου Σουδάν έχουν τη δυνατότητα να συνεχίσουν σπουδές τριτοβάθμιας εκπαίδευσης είτε σε ένα πανεπιστήμιο ή μια επαγγελματική σχολή. Αν υπάρχει έλλειψη και των δύο οργάνων, πολλά προγράμματα είναι σε θέση να επεκτείνει το τρέχον τοπίο της τριτοβάθμιας εκπαίδευσης στο Νότιο Σουδάν.

Ένα μεταπτυχιακό πρόγραμμα είναι ένα εστιασμένο πτυχίο που απαιτεί περίπου δύο χρόνια παρακολούθησης στην τάξη, έρευνας κι ενδεχομένως μια διατριβή, για την απόκτησή του. Αυτό το προηγμένο πρόγραμμα σπουδών επιτρέπει στους φοιτητές να εξειδικεύσουν περαιτέρω την εκπαίδευσή τους σε ένα τομέα που τους ενδιαφέρει.